《神圣之门》的剧情故事跨越两个世界，为了拯救“共时世界”，在“统合世界”之中有这样6位少年，在交错的时空中应召而来，与主人公们结成了深厚的羁绊……
【希望之火——赤音】
赤音的故事，从他与“火焰”相遇开始。鲜红的火焰带来了温暖，也拉开了他命运的帷幕，他决心前往神圣的出口，以双拳破坏混乱的统合世界。被策划好的命运、无法突破的屏障和实力悬殊的差距，让赤音心中的火焰近乎熄灭，带着悲伤的他受邀来到了火想乡。在坦然接受一切后再度点燃了火焰，凭借自己的意志和拳头，为新的战斗揭开了序幕。
【澄澈之水——苍人】
落下的雨滴化作“水”流进苍人的心中，让原本连一丝涟漪都不愿泛起的苍人，开启了命运的抉择。一路前进的苍人突破了水之精灵的试炼，但他心中仍旧残留着挥之不去的罪恶。审判之日近在眼前，为了与过去的自己作出了断，赎清弑亲之罪，苍人向着漂浮在常界的孤岛——龙宫乡进发。再次回到本岛后的苍人，放弃了洗刷过去，选择接受一切的他，又重新找回失去的澄澈。
【前进之风——翠】
翠一直为了突破“现在”而不断前进着，微微掀起的风一直伴随在她身旁。当她奔向神圣之门时，她却开始担心起风会突然停止。陷入焦虑和忐忑的翠，忘记了脚踏实地，迎来了宁静之后的暴风雨。为了能完成比任何人都要更加迅捷的心愿，翠在高耸入云的蓬莱乡拼命进行着修炼。最终，她乘上风精王掀起的龙卷风，出现在大家面前，再次开始无忧的奔跑。
【指引之光——光】
光芒四射，如同太阳一般的光，无论开心、悲伤、还是痛苦，脸上永远都只有微笑一种表情。承受着巨大的重担，被光芒指引着一直前进，逐渐使她面对真正的自己以及不愿得知的真相，从此她笑容再也不是发自内心。为了寻找笑容真正的含义，光来到了漂浮在天界的永远乡，重新露出只为自己的笑容。即便如此，她的笑容依然温暖，且指引着人们前进的道路。
【对抗之暗——紫】
紫喜欢夜晚，喜欢被深沉的“暗”所笼罩而染上紫色的城镇。她斩断了前往神圣出口的道路，只是为了寻找童年仅存的一丝记忆。直到掌管暗的精灵降下温柔的拥抱，紫终于触及到了她所寻觅的过去。小小的死神发动起推翻魔界的革命，为的是终结堕入黑暗的可悲循环。在魔界的尽头，漂浮在暗夜当中的死后乡，紫接纳了束缚着自己的黑暗，与审判之日做着不休不止的对抗。
【回归之无——银次】
对一切都漠不关心，只信任力量的银次沉醉在自己得到的“无”之力中，肆意破坏着，妄图将交错的世界化为虚无。直到无之精灵的低声告诫，让银次对拥有“无”的意义感到了疑惑。为了看清黄昏之审判将一切归于虚无的本意，银次前往常界，也前往地底乡寻求“无”之力的真相。了解一切后的银次与大家踏上了同一条道路，他的目的是将“统合世界诞生”这件事情本身回归于“无”。
在“统合世界”中为了探求真相，与命运做斗争的六位少年，战胜且拥抱了曾经迷茫、懦弱的自己，他们的强大，同样会在《神圣之门》中帮助主人公们拯救理力界，夺回“共时世界”的平衡。
